1*あくまでも「増やしたい」ということが前提である。メダカが絶滅したと思われる場所に、もう一度メダカを「復活させたい」などとは思わないほうが良いと思うのである。
なぜなら、まず第一に、本当にメダカが絶滅しているのかどうか、確実な事は言えないからである。もしも、辛うじて少数でもメダカが生き残っていた場合、他所からのメダカを放流すれば、その瞬間から交雑が始まる。
また、もし確実にメダカが絶滅してしまっているような場所であれば、交雑など論外で、そもそもメダカが生息出来るような環境に戻っているかどうかさえ甚だ疑問である。このような場所に、メダカを放流しても、再び絶えてしまうのがオチかもしれない。
2*ただ、矢鱈とメダカを捕り過ぎる事は誉められた行為とは言えないし、ましてや飼育者の飼育技術不足の為に、折角それらを飼育しても全滅などさせては目も当てられないだろう。
まずは、ペットショップなどで販売されているヒメダカで、経験を積むことである。経験を積むなどと言うと大袈裟に聞こえるかもしれないが、メダカはすぐに産卵し、成長も比較的早いので、上手く行けば数ヶ月でヒメダカの飼育・繁殖のコツを掴む事が出来ると思う。
このようにしてある程度の技術を持てば、自然下のメダカを捕獲して、飼育・繁殖するにしても、最低限の個体数のメダカからスタート出来るし、これにより野生のメダカを少しでも"乱獲"せずに済む。これこそが環境保全であり、いくら殖やして放流するからと言って、最初に自然保護の名の下に"乱獲"したのでは本末転倒だろう。
3*地域と言う曖昧な表現をしているが、この際、字でも村町でも市郡でも、何でも構わない。ただ、その範囲を県にまで拡大するのは、適当ではないと思われる。
4*しかしながら、これはある意味、妥協策と言わざるを得ないかもしれない。
なぜなら、厳密に言うと、例えば同じ市内でも場合によっては、地形や状況(池と川の違い、支流を異にする河川など)によってそれぞれ少しずつ異なる遺伝子構造を持つメダカが存在しているかもしれないからである。分かりやすい例を挙げよう。同じ市内でも山を隔てた地域は、その山が形成された時期からメダカの生息域が分断され、その時からそこのメダカは、それぞれの進化を遂げているのである。つまり、何万年も前からのそれぞれの進化の結果が、現在に反映されている訳である。

結局、最善の策は、「元の場所に帰す」ことだろう。B川で捕ったメダカはB川に、C池で捕ったメダカはC池に帰し、B川のメダカを同じ市内のC池に移すことは避けた方が無難である。
少なくとも、放流予定地とは全然違う地域に由来するメダカや市販されているヒメダカを、繁殖させて放流することだけは避けるべき行為である。